mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCTTGTTTGTTGCTGCTCCT GTGCGGCTACAGACGGGTAT CCAGAGCCGACTAAGTGCCTTGGTGCGGCTACAGACGGGTATCCGGCTCGATGTTCATACACCGCGACTCTTTCCTTTTACCTTGTTTGTTGCTGCTCCTTTTGGTTTT 3 1 3' arm Caenorhabditis_briggsae mirbase mir-354 5e-28 cel-mir-354 8e-36 -30.62 ..((((((((...........((.(((((.(((((((((((...((.(((.(((....)))...)))......))...)))).))))))).))))).))..)))))))) (-30.62)