mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGTTAACATCTACAGA TGTGGGTGTTTGCTTTTTCGGTGAAG TTCGCGGACCTTTGTGGGTGTTTGCTTTTTCGGTGAAGTTGTCTTCCGTAGCTTCTTCTTCACCGGGTTAACATCTACAGAGGTCCAAAAAGGGG 1 4 3' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-42 9e-48 crm-mir-42 3e-16 -41.7 .....(((((((((((((((((.(((....((((((((..((........)).....))))))))))).)))))))))))))))))......... (-41.70)