mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGAGACACATTCAGCT CTGGATGTGCTCGTTAGTCATA CACCATGTGCCACGCTGGATGTGCTCGTTAGTCATAATATCCTCCACAAAGCAAGGACTATGACTAGAGACACATTCAGCTTGGCGCCGAATGCAT 1 3 3' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-44 3e-47 cel-mir-45 1e-49 -41 ......((((((.(((((((((((((..((((((((...((((..........)))).))))))))))).)))))))))).))))))......... (-41.00)