mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCCGTATAAGTTTCTGCTGAG CGGCAGAAACCTATCGGTTATA AGATTTGGAACTTAATGGGACTCGGCAGAAACCTATCGGTTATACTTTTTGGATATGCTATACCCGTATAAGTTTCTGCTGAGCCCCTTATTCCTGTT 2 1 3' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-55 6e-49 crm-mir-55 0.000005 -35.3 ......((((..(((.(((.((((((((((((.((((((.(((((...........).)))).))).))).))))))))))))))).))))))).... (-35.30)