mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTACTCCACCCATGC ATGGGTGAGTAGGGAAGATA AGGTTTTGGTATGGGTGAGTAGGGAAGATAATTTAACTAAGTAATAATAATATCACTTTTTTCATTATTACTATTTACTTAAGGAATTTGTATATCTTCCCTACTCCACCCATGCCATAGGTTT AGGTTTTGGTATGGGTGAGTAGGGAAGATAATTTAACTAAGTAATAATAATATCACTTTTTTCATTATTACTATTTACTTAAGGAATTTGTATATCTTCCCTACTCCACCCATGCCATAGGTTTCCCATTATTCCTCCCTCTCCTTATCTCACCTCTGTTCCAAGAAGTATACTCTATATGGGTTGCTTATAATTTCATTGCCTTTGTGTTTAATTGTCTATTTTATGCTAATCATATATTTGTCTATTTGTTAATAAGGAAACATGCTTGTCTAATAAGCTTTCATACACACACACACACACACACTAATATTTCATATATTGACACATGATTTTTCCCTCACATCCACGTTACGCACACATTTTTGTTTAAAACTTTTAACTGCGTTATTTTGATTGTACCTTTATGTATGTGTCTCATGGGATTGCCAATTAATGTTGTAGCCTTGCAGGTTTTGCTTGCTGGTTCTTTGTCCACATAAACGAACCAAAAGAAGAGAAAGAAAAAGGCTTAATTTAGCTACTAATTGGAATTTGAAGCAGAGAGTTCAGATATCAGGGTCCTGTTCCTTATAACCCACAAAATATGGTTATAAATTTATGTAGTTCAGTAAGTGTATATGTAGGAATCAACTTAATGCTCCTCTTAGGTTTGAAAAGCCGGGTTTTACCAATTGGGCTCCTAATCATTGGGAAAATTTATGTTCTCATAAAACTTGGAAAAAATGGGTGGGAAGCTTTATTAAAATCTCCTTTTCCCCCTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGCCGCGCTCAAAAAGGACCCNGCTTCACTTACCCCTGGCATCCCAACCCCTAATCTTTCTTATAGGCTCCCCTCAATTCTATTTACTATCGCCCCACTTTTCACAACACAACGT 0 1 3' arm Citrus_reticulata mirnest 100 ptc-MIR472a 0.0004 -43.3 ......((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.(((((((............))))))).)))))).))))).........))))))))))))).)))))))))))....... (-43.3)