mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGATTGCAACGTTTGACCAC GATCAAAAATTGTAAGAAAA TCCGTTCCACAATATAAGGGATTTTGAGTTTTTGATTGCAACGTTTGACCACTCGTCTTATTTAAATTTTTTTTGCAAATATAAAAAACAAAAAGTTGTGGTTAAAATACTGTAGATAATAAAGTAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTTAAAAAAGTTTAAATAAGACGAGTGATCAAAAATTGTAAGAAAAACTCAAAATCCCCTTATATTAAGTTAGT GGTGAGTGAAGATGATGGATAATTGGAGATCAACAATTCACATGCTGTAGAATATCTAACAAAAATGTCTTTAGTGTCATAAATTCGTAGTAATAGGATGTGTCATACTCCCTCCGTTCCACAATATAAGGGATTTTGAGTTTTTGATTGCAACGTTTGACCACTCGTCTTATTTAAATTTTTTTTGCAAATATAAAAAACAAAAAGTTGTGGTTAAAATACTGTAGATAATAAAGTAAGTCACAAATAAAATAAATAATAATTTTAAAAAAGTTTAAATAAGACGAGTGATCAAAAATTGTAAGAAAAACTCAAAATCCCCTTATATTAAGTTAGT 4 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 7e-23 osa-MIR818e 3e-18 -66.2 ..........(((((((((((((((((((((((..((((((..(((((.((((((((((((((((((((((((...((((...............((((((((....((((.((.....)).))))))))))))...............)))).)))))))))))))))))))))))).)))))..)))))).))))))))))))).))))))))))........ (-66.2)