mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCTTGTTTGTTGCTGCTCCT GTGCGGCTGCAGACGGGTAT CAGAGCCGACTAAGCACCTTGGTGCGGCTGCAGACGGGTATCCGGCTCGACGTTCATACATCACGACTTCTTTCCTTTTACCTTGTTTGTTGCTGCTCCTATTGGTTTTG 3 1 3' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-354 3e-32 cbr-mir-354 8e-36 -33.02 (((((((((...........((.(((((.(((((((((((...((...((.(((..........))).))...))...)))).))))))).))))).))..))))))))) (-33.02)