mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTAGCCTGAGCTATG TAGCTTCTTGCTAAAACATGCC AATAATGTCAAGAATTGAATGGTTTGTTTTAGCCTGAGCTATGAGTCATCGGAATATGCATAGCTTCTTGCTAAAACATGCCAATCAATCTTAATTGACGAAGTTTTTGA 3 1 5' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-355 1e-56 cbr-mir-355 0.00000000002 -36.8 .....((((((..(((((.((((.(((((((((..((((((((..((....)).....))))))))...))))))))).)))).))))).....)))))).......... (-36.80)