mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGCCTGGGTCACCAATTGT AATTGATGACTCAGGCAGGGACT TGTCCTGAAGGCGGACAATTGATGACTCAGGCAGGGACTAATCATGATTGTCGATTTAGTCCCTGCCTGGGTCACCAATTGTCGGCCCCCGCGGACA 1 0 3' arm Caenorhabditis_elegans mirbase mir-789 6e-49 cel-mir-789-1 1e-31 -62.8 .((((((..(((.((((((((.(((((((((((((((((((...((.....))..))))))))))))))))))).)))))))).)))..)).)))). (-62.80)