mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTATATTTTGGGACGGAGG TCTGTCCCGAAATNTTACAAT TGGTTGCATTGGTATGTACTNCCTCTGTCCCGAAATNTTACAATTTTTAGCTACGAATCTGGNCATNTAGGTGACCAGATTCATAGCTAAAAATTGCTATATTTTGGGACGGAGGTAGTACGTACTANCCATACT CGGGAGTGATGTCGTTGGTTGCATTGGTATGTACTNCCTCTGTCCCGAAATNTTACAATTTTTAGCTACGAATCTGGNCATNTAGGTGACCAGATTCATAGCTAAAAATTGCTATATTTTGGGACGGAGGTAGTACGTACTANCCATACTTATTTATGAAATCTGAAATGGATGTCTTGTTTGTTTTGTCGGGTTCAGAAATNTGNGATAAAATATTGTGCCGGGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-50 osa-MIR1439 5e-16 -67.4 .(((((...(((((((((((.(((((((((((((((..(((((((((((((((.((((((((.(((....))).)))))))).))))))))))))).)).))))))))))))))).)))))))))))..)).))) (-67.4)