mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGTTAACATCTACAG GTGGATGTTTCCTTTTTCGGTGAAG CAAACCCTTGTCGGACCTTTGTGGATGTTTCCTTTTTCGGTGAAGTTGTTCCGTTGAATTATCTTCTTCACCGGGTTAACATCTACAGAGGTCCTCGAGGGTTT 2 4 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-42 2e-52 cel-mir-42 4e-16 -54.5 .(((((((((..(((((((((((((((((..((....((((((((..((((....))))......))))))))))..))))))))))))))))).))))))))) (-54.50)