mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGAGACACATTCAGCT CTGGATGTGCTCGTTAGTCATA TGAGAGAATGGCCGATCTGGATGTGCTCGTTAGTCATAGACGAATCACAGAAAACAGTCATATGACTAGAGACACATTCAGCTTGGCCTGGATCTCAA 1 3 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-44 4e-47 cbr-mir-44 2e-30 -45.66 (((((....((((((.((((((((((((..(((((((((((...............))).))))))))))).))))))))).))))))....))))). (-45.66)