mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTAGAGACACATTCAGCT CTGGATGTGCTCGTTAGTCATA AACTGTACCAAAACGTGCCACGCTGGATGTGCTCGTTAGTCATAATAACCTCATTTAGTAAGGCTTATGACTAGAGACACATTCAGCTTGGCGCCGAACTATAAACAGT 1 3 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-44 3e-29 cbr-mir-45-1 1e-28 -43.07 .(((((........((((((.(((((((((((((..(((((((((...(((.........))).)))))))))))).)))))))))).))))))..........))))) (-43.07)