mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GACGAGTGGTCAAACAGTGCA TACTGTTTGGCCATTCGTGTT ACATTTTACTTGTACTGTTTGGCCATTCGTGTTATTCAAAAAAATTTAGAATTATTATTTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCCAAAGTACTTCAAGCACAACTTCTCTTTTTCTATATTTGCACAATTTCTTTAAATAAGACGAGTGGTCAAACAGTGCAAACAAAATG GTAAAAATGACCATGCGCAGTTGTTAAATATAGCATTTGGTTAGCTGATAATAATGATATATAAGTAGTGTGCTCGATTTATATTAACTAATTTCTATGACATATATACTATGTTGCTCGATGTAGCTTTTGTACATATTTCATGCATGACTCTCAGTGTATTAATTAATTATATTATGAGATTTGCAAAATGTTAATTTTTGCAATGCTTAACGTTGCTGGAGGAAAATCACACCTTAAGAATATATTACTTTCGTCCGCTAATATAAGGGATTTTGACATTTTACTTGTACTGTTTGGCCATTCGTGTTATTCAAAAAAATTTAGAATTATTATTTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCCAAAGTACTTCAAGCACAACTTCTCTTTTTCTATATTTGCACAATTTCTTTAAATAAGACGAGTGGTCAAACAGTGCAAACAAAATGTC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 1e-26 osa-MIR818e 0.00000000000001 -43.7 .((((((..(((((((((((((((((((((.(((((.(((.(((((..((((...............(((((.((((((((.......)))))).....)))))))...............))))....))))).))).))))).)))))))))))))))))))))..)))))) (-43.7)