mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGGCTCAGTAGATGCG CATCTTCTTGCCTAACTCGCC CATACCGGATGTTGAGGTAGGCTCAGTAGATGCGATCAGAGTTGTGCCTCAGGCGTTCCTCACATCTTCTTGCCTAACTCGCCTTCCTTTATGT 5 1 5' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-48 3e-47 cbr-mir-48 0.000000001 -28.8 ((((..(((.(.((((.(((((..((.(((((......(((..(((((...)))))..))).))))).)).))))).)))).).)))..)))). (-28.80)