mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCACCACGAGAAGCTGCAG GCAGTTTCTTATGATGTGCTCCG GTAAGTTTAGAACAATCTACCGATCCGCAGTTTCTTATGATGTGCTCCGAGCCAACATGTGTTCGAAGCACCACGAGAAGCTGCAGATGGAGGAGTTTGTTCCATTTTGC 4 2 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-49 2e-49 cel-mir-49 0.000000000000006 -43.1 (((((....(((((((((.((.(((.(((((((((..((..(((((.((((((.....).))))).)))))))..))))))))).))))).)))..))))))...))))) (-43.10)