mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACCCGTATTTGTTTCTGCTGAG CGGCAGAAGCACTTGGGGTATA AGAGTCCAGACTCGGAAAGTCGCATGGGACTCGGCAGAAGCACTTGGGGTATACTTCACAGAGTAACTATACCCGTATTTGTTTCTGCTGAGCCCCTGACACCAGTTCGGTACTT 2 1 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-55 4e-50 cel-mir-55 0.000006 -48.7 .((((((..(((.((...((((...(((.(((((((((((((..((((((((((((....)))))....))))).))..)))))))))))))))).)))).)))))..)).)))) (-48.70)