mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGCACATTTTCTAGACC GCTAGAAAGGTGACATAAAATC AAACCGCTTGTTCTTGAGCTAGAAAGGTGACATAAAATCATGTATAACAACGCGATATTATGCACATTTTCTAGACCAAGACATGATTTATCGGTT 3 2 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-60 4e-19 cbr-mir-60 5e-21 -28.6 .((((((.(((.((((..(((((((((((.(((((.(((.(((......))).))).)))))))).))))))))..))))))).)......))))) (-28.60)