mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGACACAGATTAAAGGATGTG CACCTTTAGCCGTGTCAGACA TCCCACCGGAAAAGAACACAAAGCCATGCATGACACAGATTAAAGGATGTGACACTTAACAACAAGTAGATCACACCTTTAGCCGTGTCAGACATGGCTTGTTCGGAGTACGGTAGAGGA 3 2 5' arm Caenorhabditis_remanei mirbase 100 100 -49.3 ((((((((.....(((((...(((((((..((((((.(.(((((((.((((((((((......)))).).))))))))))))).))))))..))))))))))))......)))).).))) (-49.30)