mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTATATTGTGAAACGA GTTTCACAATGTAAGTCATTC ATCAGTATTCAGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGTATTCACNATATTTATATTGNTCNTGATGAATTTAAATAGATATATGTCTAGATTCATTAATATAAATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTATATTGTGAAACGAAGGGAGTAGATGTTTGGAG CTGAATCTTAAACTTTGTTTTTGATGAACTCAGACACACACAATCAACNCATTACATTCGCGTGGGCCCACGAATGTGCCCTCAACGACGTGCTGCTACTATATCATCAGTATTCAGTACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGTATTCACNATATTTATATTGNTCNTGATGAATTTAAATAGATATATGTCTAGATTCATTAATATAAATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTATATTGTGAAACGAAGGGAGTAGATGTTTGGAGGACCCCATGTCAGCTGACTATGAATGTGTCAGCTTATTAGCTGCTTCAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-33 osa-MIR809d 2e-31 -65.9 .((((....((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((.....(((((((((((.(((......))).))))))))))).....)))))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))).))))))))..)).)))).. (-65.9)