mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGCACTGCATGAATTCACGG GCGGATCATGCGGTACCATAGC ATCCTATCTTGTTCGCAATGGCACTGCATGAATTCACGGATGCATTGCGACAGACCGCGGATCATGCGGTACCATAGCGGACAGTGGTGAGATA 3 1 5' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-228 3e-47 cbr-mir-228 6e-33 -41.4 (((.((((((((((((.((((.(((((((((.(((.(((.((........))..))).)))))))))))).)))).)))))))).)))).))). (-41.40)