mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGCTCGTGAACAACAGGCAGG TGACTGTTTCCATAGCTTATA AATCGAGCACCCCGATGTTGTTCTGACTGTTTCCATAGCTTATATTGTCTCAAAATGCATATAAGCTCGTGAACAACAGGCAGGACAACTGGTCTTTTTGGTGTGCATTTTGAT 3 2 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-231 3e-17 cbr-mir-231 4e-19 -38.3 .(((((((((.((((.(((((((((.(((((..((((((((((((.((........))))))))))).)))...))))).)))))))))........)))).))))...))))) (-38.30)