mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATGCATCTTAACTGCGGTG CCGTAGTTTCGATCATTTTATC CGAGGTAAGTTGAAGTCTGATTGTCGGATCTCCGTAGTTTCGATCATTTTATCCTATCTCCAACAAAGCGATAAATGCATCTTAACTGCGGTGATCTGAATTCTTGGACACTTTTTTC 3 2 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-232 2e-49 crm-mir-232-2 1e-62 -37.2 .((((.((((....(((..(...(((((((.((((((((..((((((((.(((((...........)).)))))))).)))..)))))))).)))))))....)..))))))).)))) (-37.20)