mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTGTCAGGTAATGACGCT CGTCTTACCTGTTCAATATTTAGA TCTTTGGTGACCGATGTCCAGCGTCTTACCTGTTCAATATTTAGACTGATTAGCTCATGAGATCTAATACTGTCAGGTAATGACGCTGGATTATCTTGTCATTTATGA 2 3 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase 100 cel-mir-236 5e-31 -40.8 ((...((((((.((((((((((((((((((((..((.((((.(((((.((......)).)).))))))).)).))))))).))))))))).))))..))))))...)) (-40.80)