mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTACTCCGATGCCATTC GTGGACACGGACGTAAAAAGC AGTCAACGTGGACCACTGTGATACCATTTGGGTGGACACGGACGTAAAAAGCTATGCCCGTGGTTAGGTATTTAGCTTTGTACTCCGATGCCATTCAAATGGTTGTGTGGTTTTGGATTG 1 3 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase 100 cel-mir-238 0.0000004 -49.2 ((((.....(((((((......(((((((((((((.((((((.(((.(((((((((((........))))..))))))).))))))).)))))))))))))))...)))))))..)))). (-49.20)