mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTACTACACATAGGTACTGG AGAATCTATTCTAGTGCAAAAA AATCCAAGATTGCGATTTTTGTACTACACATAGGTACTGGACACTGAGATTTGTATCCAGAATCTATTCTAGTGCAAAAATTGCTCTGGATTC 3 1 5' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-239 1e-46 cel-mir-239a 0.0000000003 -38.2 ((((((.((..(((((((((((((((...((((((.(((((.((........)).))))).))))))..))))))))))))))))))))))). (-38.20)