mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACAG GTTTCAGAATAAGTCAGTT CAAATAATAATGTCCTTCCTCCGTTTCAGAATAAGTCAGTTTAGTATTTTCCACATATATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTGACATCAATATAGATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACGTACGT TGTTCGTCGCCAACGCCCTCAAGCTGCGAGAGGTGGTCGCCGACGAGGAGCTCCATGAGAGGTACATCAGCGAGTTCATACACCAGCTTAGGTTAAGGCTGTCCTACGTACCTCGCCAGCTCATGAATGAACCCCGTCTTGGGCCCATGGATTGTAATCCCTACAAATAATAATGTCCTTCCTCCGTTTCAGAATAAGTCAGTTTAGTATTTTCCACATATATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTGACATCAATATAGATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACGTACGTGTGTATGTGTGTCTGTCTGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTATTGTATT 3 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-34 osa-MIR809a 1e-32 -69 .........((((.(((((((.((((((.(((((((((.(((((((((((.((.((.((((((((((((((((((((((((((..........)))))))))))))))))))))))))).)).)).))))))))))).)))))))..)).)))))).))))))).))))........ (-69)