mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACAGGACTTTTGAGCGTTGC AACGCACAAAAGTTTCTGTGCGACA TGTTTTCTACGTGACTAGCAACGCACAAAAGTTTCTGTGCGACAAATATGAAATTTTGTCACAGGACTTTTGAGCGTTGCTAGTTGAAAGAAGAT 1 3 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-249 9e-48 cel-mir-249 8e-17 -43.7 .(((((((...(((((((((((((.((((((((.((((..((((((........)))))))))))))))))).)))))))))))))..))))))) (-43.70)