mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTAGCCTGAGCTATGT ATAGCTTCTTGTTAAAACATACC GTTGATATTTATGTCATTTGTCGAATGGTTTGTTTTAGCCTGAGCTATGTGTTATTGCACATACATAGCTTCTTGTTAAAACATACCAATCGGTTAAATGAACCTTTTTGAC 3 1 5' arm Caenorhabditis_remanei mirbase mir-355 3e-57 cbr-mir-355 3e-23 -36.54 ((..(........(((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((........)))))))))))...))))))))).)))).)))).)))))))......)..)) (-36.54)