mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCCATCTCTGAAATTAGAC CTATTTTCCGAGCTGCGTTGACT GATCGGTGAGTTGAATTCCATTTTTGTGTCTATTTTCCGAGCTGCGTTGACTGAAAAGAATTTCGAGTCATCCATCTCTGAAATTAGACACGAATTGTCGGAGTATGTTTATGATTT 4 1 3' arm Caenorhabditis_remanei mirbase 100 100 -35.4 (((((.((((....(((((((.((((((((((.((((.(((.((.(.(((((((((....)))).))))).))).))).)))).))))))))))..)).)))))...))))))))). (-35.40)