mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCTCAATTGTG CGGTTTGAGCTCTCATGGCAC CCACACCACGACTGCTAGCAAATGGCGTTCCCTGAGACCTCAATTGTGATGAGATACGAGTCAGTCACGGTTTGAGCTCTCATGGCACGCTATGCTTGTCGATGTTGTG 3 1 5' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 100 -46.4 .((((.((((((....((((..((((((.((.(((((.((((((((((((..(((....))).))))))).))))).))))).)).)))))))))).)))).)).)))) (-46.40)