mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGT GTACTTCTTTGCAGCCCCATA CTCTCACTCCTCATTCACCGTTCCGTACTTCTTTGCAGCCCCATACTTGCCCGCATGAAGTGGTTATGGAATGTAAAGAAGTATGTAATGGTCGAGGCGAGAGC 3 1 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-1 5e-40 lgi-mir-1 0.000005 -44.1 (((((...((((....((((((.((((((((((((((...(((((.....((((.....)))).)))))..)))))))))))))).)))))).)))).))))). (-44.10)