mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGTTATTCTGCGACCT GTCACAGAATCCCTGCGTGACC CTCTGAGCCGTGCCTTTGTCACAGAATCCCTGCGTGACCTGTGAATTGATCTTGGTCACCGGGTTATTCTGCGACCTAGGCTCCTCTCGGA 4 2 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 100 -41.8 .((((((..(.((((..(((.((((((.((((.((((((...((.....))..))))))))))..)))))).)))..)))).)..)))))) (-41.80)