mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGATCAAGTTTATAGAAAAG TTCCTATATATTTAGTCAAAC ATTTCCAACATACTCCCTCCGTTTCATATTATAAGTCGTTTGACTTTTTCCCCAGTTATACTTCATTAAGTTTGATCAAGTTTATAGAAAAGTATAATAGTATTTTCAATAAAAGGCAAATGTATTATCAAAATATATTCAATATTAGATTTAATAATCTAATTCGATATTTTATATGTTACTAAGTTTTCCTATATATTTAGTCAAACTTAACAAAGTTTGACTGAAAAAAATCGAACTGACTTATGATATAAAACGGGGGGGAAGCAGTAAAATT CTTATAATACTAACCGTACCAATATATTAGTTAAAATGTCATGACTAAACTGCAGAAATTCAGGTGGAGCAATTGCAAAGCAGAGTTGCTAGCAAAATTTCCACAAATGAAAATCCATGTATCTCTAAGGAACTTTTTTTAAAAATCTGACACAACCTTCCATGTATTTCCAACATACTCCCTCCGTTTCATATTATAAGTCGTTTGACTTTTTCCCCAGTTATACTTCATTAAGTTTGATCAAGTTTATAGAAAAGTATAATAGTATTTTCAATAAAAGGCAAATGTATTATCAAAATATATTCAATATTAGATTTAATAATCTAATTCGATATTTTATATGTTACTAAGTTTTCCTATATATTTAGTCAAACTTAACAAAGTTTGACTGAAAAAAATCGAACTGACTTATGATATAAAACGGGGGGGAAGCAGTAAAATTCACACTTTCACAACAGAAACACCAACTCAACAACATTAATTTGTTTCTTCTCCATGACACAAAGACCTTCTGA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000001 ssp-MIR437a 0.0002 -71.8 .............(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((...((((((.((((..(((((((((((.((((.(((((.((((.....(((((....((((((((.....(((((((.....)))))))((...((((((((....))))))))..))..)))))).)).)))))..)))).))))).)))).)))))))))))..)))).)))))).))))).)))))).)))))))))))).)))))))))))............. (-71.8)