mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGACGTAGAAGCGAGTGAAG CCGCTCGCTTGTAGTGTCATGGC AAAGGCCCGTCCAGTTTTCTCCGCTCGCTTGTAGTGTCATGGCCCTCAATCGGTCTGGTGCTATGACGTAGAAGCGAGTGAAGAGAACGGTCGGAGCTCTT 2 1 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 ppc-mir-63d 0.00002 -52.3 .((((((((.((.(((((((.(((((((((.((.(((((((((((...........)).))))))))))).))))))))).))))))))).))).)).))) (-52.30)