mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGTTGGCATAGCTG GCTCTGCCACATGTAGCCACG GCAATTGGTCGCGTATCCGAGTGAGGCAAGATGTTGGCATAGCTGATGGTCGAATTGAAGCAATTCCGCTCTGCCACATGTAGCCACGCACGGCCGACCCGCAGTTGCT 5 1 5' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-31 9e-42 cte-mir-31 0.000001 -40.7 (((((((((((.(...(((.(((.(((.(.((((.((((.(((.((..((.........))...)).))).)))))))).).))).))).)))))))))...)))))). (-40.70)