mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTACTAGGCTAAGGAATT TTCCTGTAGTCCTGTGCGATCC ATCATAACGCACATTACATGCCTTGTTTGTACTAGGCTAAGGAATTACGATATATTGAAGCGATAATTCCTGTAGTCCTGTGCGATCCAGGCTGTGGATGCGATGA 3 1 5' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 ppc-mir-239-2 6e-24 -37.3 .((((..((((..(((((.((((.(.((((((..(((((((((((((((...........)).)))))))).)))))..)))))).).))))))))).)))))))) (-37.30)