mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCGTAGGCCTTCGATTGGCG CGCATCGACGATCTGCGCATGC AAAAGGTTAGTCAGCTGGGACGGTCCGTGGTTTGCGTAGGCCTTCGATTGGCGATATTTCTGCACATGAATGCATCGCGCATCGACGATCTGCGCATGCCATGAACGTTCCATACCTTTT 4 2 5' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 100 -50.1 (((((((........(((((((...((((((.(((((((..(.(((((.((((((..(((.......)))...))))).)))))).)..))))))).))))))..))))))).))))))) (-50.10)