mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACCCGTAGTCCGTTATCGTCT ACGATGACCGCTCGACGGGAGCA AATGAGGGAGTGATTGAACACGATGACCGCTCGACGGGAGCATCCATTGCGAGATTGCACCCGTAGTCCGTTATCGTCTTCAACCAACTCCAATCTCAT 3 3 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 100 -37.8 .((((((((((..(((((.((((((((.(((..(((((.(((((........)).))).))))))).).)))))))).)))))...)))))...))))) (-37.80)