mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACAGATCAGTGCGCGAG CCCATTCACTCTTCTCGTCAGTCG CAATGCTTTCTGGTATCTAGTCGATCCTCTTTCCCATTCACTCTTCTCGTCAGTCGATGATTGAATATCGAATGACAGATCAGTGCGCGAGAAGGAAGACTAGCTTCCGTGATGGTGTTT 5 3 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-2238 3e-51 ppc-mir-2238a-2 1e-56 -39.4 .((((((.(((((...((((((..((((.((((.(...((((..(((.((((.((((((......)))))).)))))))..)))).).)))))))).))))))...))).)).)))))). (-39.40)