mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACAATCGAGTGGGTGAG CGTCTACTCCTTTCGTCATTCG CCCTCCATGGAACTAGTCTGCCTACTTCCCGTCTACTCCTTTCGTCATTCGTTGATACGAATACGAATGACAATCGAGTGGGTGAGAAGGAAGACTTGCTTCCTTGGTTGGT 5 1 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-2238 4e-38 ppc-mir-2238b-2 5e-34 -43.9 ((..(((.(((((.(((((.....((((.(..((((((..((.(((((((((..........)))))))))))..))))))..).))))..))))).).)))).)))..)). (-43.90)