mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGATTCTCAGTGGATT TCTTCTGAAATCCAGGTTTCGATC GCTACTCGCAACGTCCCTTATCTTCTGAAATCCAGGTTTCGATCACTAATTGGTGTGATCACCGGGATTCTCAGTGGATTAGGGCATCGAGTCGGCT 3 4 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-2241 1e-46 ppc-mir-2240a-1 8e-48 -40.4 ((((((((....(.((((.((((.(((((((((.(((...((((((........))))))))).))))).)))).)))).)))))..))))).))). (-40.40)