mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCAGGGATTCTCAGTGGATT TCTTCTGAAATCTCTGTTTCGATC GGTACCCTTTGCAACTCGCTACGTCCCTTATCTTCTGAAATCTCTGTTTCGATCACTAATTGGTGTGATCCCAGGGATTCTCAGTGGATTAGGGCATCGAGTCAGCTCCATTCCC 3 4 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-2241 2e-33 ppc-mir-2240b 3e-38 -38.44 ((........((.(((((....(.((((.((((.((((((((((((....((((((........)))))).)))))))).)))).)))).)))))..)))))..))......)). (-38.44)