mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGAATGAAACGAGTGAGTCAGC TCACTCGCTCATTTCATTCCGACA CAAGTGACATAGCTGATGAACTTTGTAGTGTCCTCACTCGCTCATTTCATTCCGACACAAGAAATGTGTTGGAATGAAACGAGTGAGTCAGCATCACCGTCTTTGTAGTGTTCAGTTG 3 0 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase 100 ppc-mir-2242-1 6e-43 -46.8 (((.((((((.((.((((.........(((..((.((((((((.(((((((((((((((.....))))))))))))))).)))))))).))...)))))))...)).))).))).))) (-46.80)