mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGATTCTATGAAGATCT ATCCTCATGAATCCCGGTTTTGATC GCCCGCTACTCGACACGTCCCAAATCCTCATGAATCCCGGTTTTGATCACTAGTTGCAGTGATCACCGGGATTCTATGAAGATCTGGGCTTCGAGAAGGC 2 4 3' arm Pristionchus_pacificus mirbase mir-2241 1e-49 ppc-mir-2240a-2 0.000005 -46.6 (((.....(((((...(.((((.(((.((((((((((((((...(((((((......))))))))))))))))).)))).))).))))).)))))..))) (-46.60)