mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAAAAGATTCGTCT ACGAATTTATTCAGCCTAATT ATAAACCGCGAGACGAATTTATTCAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTACTATAGTCTGTAGCACCACATTGTCAAATCATAGAGTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTTGTAAATTA GAATTACAGAATCCGTCAATAAACCGCGAGACGAATTTATTCAGCCTAATTAATCCGTCATTAGCAAATGTTACTATAGTCTGTAGCACCACATTGTCAAATCATAGAGTAATTAGGCTTAAAAGATTCGTCTTGTAAATTAGTTGCAATCTGCAATTAGTTATTTTTTAGCCTATATTTAATACTTCATGCAGGTGTTCAAACGTTCGATGTGACAGGGCGAAACATTTTGAGATGGGATCTAAACATGGCTATAGTTTCAATTGTGTTGCATTGCAATATGGGACATTTTGGAATTAGGGCCAAAATGAGTTTGAGCCCTTCAATTTTTTAACATCATATAAATATTGTGAAAGTTGGTTCAGTGACATATAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR442 1e-31 -36.4 .......(((((((((((((.((.((((((((((.((.((.(((.((((.((((((........)))))).....))))..))).)).)).)))))))))).)).)))))))))))))...... (-36.4)