mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGAGT CCATTAAAGTGGTTGTGATGTG ACATTACCGGTATTTATGGAGATCCCATTAAAGTGGTTGTGATGTGTTAAATTCATCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGTTCTTTATAAACAAAATCA 2 1 3' arm Lottia_gigantea mirbase mir-2 0.0000003 bmo-mir-2b 0.00000008 -36.2 ............((((((((((.(.(((((((((((((((((((((..........))))))))))))).)))))))).).))))))))))........ (-36.20)