mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACGGAGGAA CCTCCGTTTCACAATGTAAGT TTGTGATGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTTATATTGTTGTTATTGAATCTAGACATATATATTTATCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGAAAATACTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTACCGTATA TACATTTGTTATGAACTTTCCTTGGGCATAACTGATCACTGATATTACTCCAATATTGTGTTCTTGTGCATCGTATGTTATTCCAGATATTATATTGGGTTGCAATTCCTTGTGATGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTTATATTGTTGTTATTGAATCTAGACATATATATTTATCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGAAAATACTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTACCGTATATGTATCAATTACACTGCTTCACAAGTTGCCACCGCGGTGTGGCCGTGTCAATGGAAGGGGATAGGGGCAACGGTGAAGGTGAAGGTGTGCTAAACTGCTAACCTAACCTCATGTACACAGAAGAGAAAGCGATGGAGAGTTTCAGGTAGAGGTGAACATAGTTTAATTTTCTTGATACGTATTTGGTACAATGA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-59 osa-MIR808 4e-54 -79.9 ..(((..(((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((...((((((((((.(((((.((((((((((............)))))))))).))))).))))))))))...)))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))))..))). (-79.9)