mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACTTATCGCATTCTTCCATG TGGAAGACTGGTGATATGTTGTT ATGTTGCCGTTGCTTAATCATGGAAGACTGGTGATATGTTGTTGATTGATGAAAGTTTTAAGTATTTCATAATTTAAAGCTTCATCAAAACAATGATATTACGAACAACTTATCGCATTCTTCCATGTATGCAATAGGTTGAACTTC 3 1 3' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 sja-mir-7 7e-80 -48 ..(((((((((((.....(((((((((...((((((.((((((..((((((((.(((((((((........)))))))))))))))))......(......).)))))).))))))..)))))))))...))))).)))..)))... (-48.00)