mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTTCACTTTATTTTGCCAA GGCAAGATTACGGCGAAGCTGA TATTTGTTGTTGGCAAGATTACGGCGAAGCTGAATCAAATTTAAAATGTTTCAGCTTCACTTTATTTTGCCAATAAAGGTAGC 3 1 3' arm Schistosoma_japonicum mirbase 100 sja-mir-31 6e-42 -31 (((((.(((((((((((((...((.(((((((((.((.........)).))))))))).))..)))))))))))))))))).. (-31.00)